De acordo com os estatutos e a vontade do fundador, a missão da fundação é a de promover e aprofundar o conhecimento da realidade portuguesa, procurando desse modo contribuir para o desenvolvimento da sociedade, o reforço dos direitos dos cidadãos e a melhoria das instituições públicas. Com esse propósito fundamental, sem prejuízo da realização de outras actividades adequadas à prossecução dos seus fins, a fundação promoverá estudos, em diversas áreas, elaborando análises sobre temas seleccionados, publicando os resultados, formulando recomendações e fomentando a discussão pública sobre as matérias que são objecto dos trabalhos.

A fundação é rigorosamente independente de organizações políticas e não perfilha uma ideologia partidária. A sua actividade, contudo, é norteada pelos princípios da dignidade da pessoa humana e da solidariedade social e pelos valores da democracia, da liberdade, da igualdade de oportunidades, do mérito e do pluralismo.

Na sua actividade de estudo, a fundação exige rigor na análise. Nas conclusões e nos debates públicos, a fundação está especialmente atenta à necessidade de serem formuladas sugestões e recomendações. Assim poderá contribuir mais eficazmente para o melhoramento das instituições e da vida em comum.

Especial ênfase é assim dada à divulgação e ao debate. Com efeito, a FFMS pretende que os resultados dos estudos que promove sejam o mais largamente possível discutidos na sociedade. Para este efeito, uma parte importante dos seus recursos será dedicada à difusão e à organização de discussões públicas. A fundação estará atenta às novas formas de comunicação, que incluem os documentários, o cinema, a televisão e a Internet, a fim de se aproximar do maior número possível de pessoas.

Nos primeiros anos de actividade, a fundação está muito particularmente empenhada em disponibilizar a todos os cidadãos a maior massa de informação possível. Os cidadãos informados são os que estão mais habilitados a formar uma opinião independente e livre. Alguns dos primeiros e principais projectos da fundação destinam-se justamente a divulgar a informação de base sobre a sociedade portuguesa, assim como sobre a comparação de Portugal com outros países europeus.